JetBrain製のエディターで、.envファイルを読み込ませたいときは、
EnvFileというプラグインを使用するとよいです。
github.com
EAP版やアップグレード直後などに、ために、そのプラグインが使えないケースがあり、少し手間ではあるけど、
以下のように、pipenvを経由して、エディターを起動すると、.envファイルが読み込まれます。
$ pipenv run open ~/Applications/JetBrains\ Toolbox/PyCharm\ Professional.app